金剛院(こんごういん)は、京都府舞鶴市にある真言宗東寺派の寺院。山号は鹿原山。寺号は慈恩寺。本尊は波切不動明王。寺の周辺地域は金剛院京都府歴史的自然環境保全地域に指定されている。江戸時代に細川幽斎(藤孝)が作庭したという鶴亀の庭とともに植樹した楓が有名で、「丹後のもみじ寺」と呼ばれ、特に秋には多くの参拝がある。三島由紀夫の小説『金閣寺』の舞台の一つでもある。